Ces bonnes performances lui valent une invitation pour revenir en Formule 1, mais par la grande porte cette fois: avec Williams, qui a remporté le championnat du monde avec Damon Hill en 1996, et Jacques Villeneuve en 1997. Villeneuve ayant quitté pour démarrer son écurie avec Craig Pollock (B.A.R.), Zanardi fait équipe avec la vedette montante Ralf Schumacher pour la saison 1999.
La saison a été extrêmement frustrante pour Zanardi, s'était fait complètement déclasser par Schumacher, et ayant beaucoup de mal à s'entendre avec les dirigeants de l'écurie, Frank Williams et l'ingénieur Patrick Head. Résultat final: 3 podiums et une 6e place au championnat pour Ralf, aucun point pour Zanardi. Il sera remercié par Williams à la fin de la saison et son parcours en formule un se terminait au même moment.
Il a tenté un retour en CART en 2001. La saison a été très mauvaise au niveau des résultats.
En septembre, sur l'ovale d'Allemagne, il perd le contrôle de sa voiture et se fait frapper de plein fouet par Alexandre Tagliani, qui file à plus de 300 km/h. L'impact lui coupe les deux jambes et doit l'amputer au-dessus des genoux.
Ne se laissant pas abattre par cet handicap, Zanardi tenait à compléter cette course. On lui a conçu une voiture adapté qui lui a permis de compléter quelques tours symboliques en 2003, sur le même tracé ovale en Allemagne. Il a participé à quelques autres évènements avec une voiture adaptée, notamment avec Williams-BMW de 2006.
Mais son parcours étonnant ne s'arrête pas là. Il s'est mis à la course en fauteuil roulant, et depuis 2006, a fait bonne figure lors de plusieurs événements tels que le marathon de New-york et le marathon de Venise (catégorie handisport).
J'ai appris aujourd'hui, sur LaPresse.ca, qu'il venait de remporter la médaille d'or au contre la montre H4 aux jeux paralympiques de Londres.
